neuroConstruct wird im Silver Lab in der Abteilung für Neurowissenschaften, Physiologie und Pharmakologie der UCL entwickelt. neuroConstruct wurde entwickelt, um die Entwicklung komplexer Netzwerke biologisch realistischer Neuronen zu vereinfachen, d.h. Modelle mit dendritischen Morphologien und realistischen Zellmembranleitanzen. Es ist in Java implementiert und generiert Skriptdateien für die NEURON- und GENESIS-Simulatoren, mit Unterstützung für andere Simulationsplattformen (einschließlich PSICS, MOOSE und PyNN) in fortgeschrittenen Entwicklungsstadien. Es verwendet die neuesten NeuroML Spezifikationen, einschließlich MorphML, ChannelML und NetworkML. Die Entwicklung dieser Software wurde durch die Finanzierung durch den Wellcome Trust, den Medical Research Council und das EU Synapse Project ermöglicht. Einige der wichtigsten Merkmale von neuroConstruct sind: * neuroConstruct kann Morphologiedateien im GENESIS-, NEURON-, Neurolucida-, SWC- und MorphML-Format importieren, um sie in Einzelzellen- oder Netzwerkmodelle aufzunehmen, oder abstraktere Zellen können auch manuell erstellt werden. * Erstellung von Netzwerken von leitfähigen Neuronen in 3D positioniert * Komplexe Konnektivitätsmuster zwischen Zellgruppen können für die Netzwerke angegeben werden * Simulationsskripte können für NEURON-, GENESIS-, MOOSE-, PSICS- und PyNN-basierte Simulatoren generiert werden (Hinweis: nicht jedes Projekt kann für jeden Simulator generiert werden) * Biophysikalisch realistische zelluläre Mechanismen (Synapsen/Kanalmechanismen) können aus nativen Skriptdateien (*.mod oder *.g) importiert oder aus Vorlagen mit ChannelML erstellt werden * Automatische Generierung von Code zur Aufzeichnung von Simulationsdaten und Visualisierung/Analyse von Daten in neuroConstruct * Aufgezeichnete Simulationsläufe können über die Simulation Browser-Schnittstelle angezeigt und verwaltet werden * Eine Python-basierte Skriptschnittstelle kann verwendet werden, um die Modellgenerierung und -ausführung zu steuern, sodass mehrere Simulationen für die Zell- und Netzwerkmodelloptimierung ausgeführt werden können.
VERSIONSVERLAUF
- Version 1.6.0 veröffentlicht auf 2012-08-23
Programmdetails
- Kategorie: Bildung > Wissenschaft
- Verlag: University College London
- Lizenz: kostenlos
- Preis: N/A
- Version: 1.6.0
- Plattform: windows